La historia se desarrolla en una escuela secundaria donde los estudiantes tienen uniformes que les dan diferentes poderes y habilidades. El presidente del consejo estudiantil Satsuki Kiryūin impone las reglas por la fuerza. Sin embargo, un estudiante de intercambio llamado Ryuko Matoi se lo encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y un uniforme escolar poseído.
